在果园中施用化肥在提高产量和满足人们的生活需求方面发挥了作用。但是，化学肥料的过量使用也带来了诸如水果质量下降，果园土壤变质以及环境污染风险增加等问题。
从苹果园土壤的现状来看，增加有机肥的用量具有三大功能：
一是改善果园土壤质量，促进根系生长，提高肥料利用率。
二是提高苹果的质量。
三是代替一些肥料养分。
另一方面，有机肥料的推广也遇到了许多困难。首先，有机肥料来源很少，无法满足种植需求。二是高昂的应用成本。即使有足够的有机肥料，如何将这些有机肥料施用到地面也成为一个大问题。如今，果农的老龄化现象越来越严重，再加上果园中缺乏小型施肥设备，难以手动施用大量肥料，限制了有机肥料的广泛推广。
因此，在选择“有机肥代替化学肥料”时，首先要考虑如何改善果园土壤质量和果实品质，而不是盲目追求快速和替代。在条件允许的渤海湾产区，尽量使用生长或人造草种植，而在黄土高原产区，尽量使用有机材料覆盖。在选择有机肥料时，选择具有良好土壤改良效果的生物有机肥料，其次是草食动物（牛，羊，兔子等）的肥料，再是鸡粪。
“有机肥代替化学肥料”的效果不仅与替代方式是否适应当地情况有关，还与技术的应用有关。在认真贯彻技术要点的基础上，果农还需要注意以下问题：
首先，在选择有机材料时，须确保它们没有污染且能分解，否则果树将受到污染或损坏；
其次，在施用期间，秋施基肥是增加贮藏养分，保证早春果树生长发育，提高坐果率，提高品质的关键措施。采摘水果后须及时涂抹；
三，施工方法须采用局部集中施工技术，即挖孔或挖沟两种方法。
四，在现阶段，我国苹果园有机肥不能全部替代化肥。施用时，应注意配方肥料与水肥一体化的有机组合。
