经过近几年上上下下各方面的共同努力，农村污水治理工作取得了重大进展，实现了“十三五”规划提出的农村污水处理率要达到30%以上的目标。但也应看到，农村的污水治理成效与农民的期待还有很大差距，与乡村振兴的要求还有很大差距，农村污水治理还存在以下问题。目前限制农村污水处理设备应用的因素：
1、一些地区存在“一刀切”、忽视乡村“个性”的问题。目前，我们约有260万个村子。乡村与乡村之间的差异巨大，区位条件不同、人口组成不同、群体聚集度不同、污水成分规模不同、水环境承载力不同、经济水平不同、发展需求不同等。就是一个县内、一个乡镇内，各个村庄的差别也是很大的。这种情况下，很难用一个模式、一种工艺去做污水处理。而实际情况是，有些县市区把需要治理的各村的污水治理项目一起打“包”，统一招投标。中标企业按照一套设备、一套工艺、一套标准去施工。表面上看，这是“一碗水端平”，实际上很难把各村庄的污水问题都解决好，甚至还会产生新的问题。
2、一些地区存在单纯追求技术破解，缺乏对乡村传统的考虑。农村污水治理绝不是一个单纯的技术问题。毋庸讳言，污水治理对城市来说是一项技术性很强的事业，城市污水处理厂往往可以用一套技术“通吃”。但是对农村来说就很难。村庄差异很大，牧区村和渔村的污水处理技术上可能就不一样。
3、一些地区排放标准“城乡一致”，存在没有结合乡村实际的问题。目前，农村污水没有全国通行的标准。为了解决这个问题，2018年9月29日，生态环境部、住房和城乡建设部联合印发了《关于加快制定地方农村生活污水处理排放标准的通知》，要求各省原则上于2019年6月底前制定完成地方标准。尽管《通知》给出了制定农村污水处理排放标准的一些基本原则，但各省检测控制项目数量多少不一。一些省很多指标照搬了城镇污水的排放标准。对于农村来说，污水里的氮、磷等所谓的“有害成分”，其实是农作物的营养元素。
4、一些地区没有建立有效运行机制。不少农村通过政府投资做到了设施全覆盖，但污水问题未得到解决。因为很多设施只是摆设，并没有运行。出现这种情况，有的是因为后续资金跟不上，有的是因为技术维护跟不上，但主要还是没有建立有效的运行机制。一些地方明显存在着重建设轻运营、重投入轻管理的问题。
